اي استفسار لاي برنامج من برامج تطبيقات حاسوبيه للحيوي :)

[ترانيم الكفاح]

المشاركة الأصلية كتبت بواسطة مسك الختام الله يسعدك يارب والله انك ساعدتيني كثير بالواجب الي قبل استفدت من الي قلتيه وحابه هالمره انك تساعديني بالراس مول مره مو فاهمه فيه شي انا مع استاذه حياه و د.خديجه الاسئله هي the name of protin is................and derived by.........(1 هذي الفقره ماعرفت اجيب الجزء الثاني منها شوفي حبيبتي المعلومات ممكن تلاقيها في كلمة انفورميشين في البرنامج وغالبا دكتوره حياة تزعل من هذه الحركه لانها تبغاها من الموقع الحين انت لمن دخلت الموقع وكتبت رمز البروتين حيطلع لك الاسم وهذا اعتقد عرفتيه بالنسبه لـ derived فهذا كثير من البنات العام ما عرفناه وبعين قالته لنا الاستاذه يعني المقصود مشتق من ماذا وهذا مو مكتوب في الموقع وكتبنا derived by human وباقي الاسئله كالتالي: the number of polypeptide chains are.................(1 اكتبي في الراسمول select polypeptide chains وحتطلع على طول بس اهم شيء يكون الاسبيلينق صــــــــــــح وبعدها اضغطي انتر فيطلع لك كل شيء the number of amino acid in each chain are................. (2 كمان اكتبي select amino acid select acidic اكتبي select acidic والناتج طبعا رقم the number of amino acid are.................(3 نفس الطريقه select amino acid in polypeptide chain a select *.ca and *a تمام هنا جاهز اكتبيها نفسها ويطلع لك كل شيء the number of water molecues in the protein are.................(4 select hoh اكتبيها نفسها وتطلع على طول لانها نفسها وحده the cofactor,inhibetor,or prosthetic group that will interact with protein are..........................(5 select ligand كمان نفسها اكتبيها ^ type the command lines to see the disulfide bridges in display window and its number are .................................(6 e. Make a gif file of your protein اهم شيء تحفضي كل شغلك وكل صوره لكل فقره اما تعملي بعد كل فقره save وتكتبي اسم ملفك الي اهم شيء يكون فيها المركب تبعك هذي كل الاسئله اذا سمحتي اقرايها وشوفي اذا بعض الكومند الي كتبتها صح ولا لا واذا قدرتي تساعديني بالباقي ياريت ياليت كان عندي الورقه بس افتكر كان مكتوب في ورقة الواجب الي فيها الاسئله الخطوات كلها وواضحه بس اهم شيء الاسبيلينغ

اتمنى يكون كلامي واضح وياليت عندي الورق بس سوي الي قلتلك عليه وطمنيني

[ترانيم الكفاح]

المشاركة الأصلية كتبت بواسطة RAWANDELET ال ncbi قالت حطو السكوينس في البلاست وشوفو ايش المرض اللي حيطلع والمرض هو اللي نبحث عنو وعلى اساسو نحل الاسئلة ممكن اعرف كيف اعمل save في الrasmol

بالنسبه للحفظ والله ما افتكر بس الي اتذكره ومو متأكده انو نكتب بعد كل شغل select save وهو حينحفظ على طول وتلاقيه في نفس المجلد الي واضعه فيه مركبك الاصلي

بأسألك حبيبتي بالنسبه لواجب الncpi متأكده انو الاستاذه ما ادتكم مركب او رمز او اي شي لكل بنت والا بس السلسه هذه
SEQUENCE # 2
ATGTTTTATACAGGTGTAGCCTGTAAGAGATGAAGCCTGGTATTTA
TAGAAATTGACTTATTTTATTCTCATATTTACATGTGCATAATTTTCC
ATATGCCAGAAAAGTTGAATAGTATCAGATTCCAAATCT

SEQUENCE # 3
ATGTTGTGCAATATCCATCTACTGTAGTTAAGATATTCAGTAG
TTTGTTTTTCATAAGCATGTAATTGATCATATTTCTGCCAAGGATGT
GCCTTCAACTTTATAATTATAGTGTTGTAAAATATTTTTGTCTG

SEQUENCE # 4
ATGGCGACCCTGGAAAAGCTGATGAAGGCCTTCGAGTCCCTCAAGT
CCTTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC
AGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCCGCC

SEQUENCE # 5
ATGCGTCGAGGGCGTCTGCTGGAGATCGCCCTGGGATTTACCGTGCT
TTTAGCGTCCTACACGAGCCATGGGGCGGACGCCAATTTGGAGGC
TGGGAACGTGAAGGAAACCAGAGCCAGTCGGGCC

SEQUENCE # 6
ATGCCATCTTCCTTGATGTTGGAGGTACCTGCTCTGGCAGATTTCA
ACCGGGCTTGGACAGAACTTACCGACTGGCTTTCTCTGCTTGATC
AAGTTATAAAATCACAGAGGGTGATGGTGGGTGACCTT

SEQUENCE # 7
ATGCCGCCCAAAACCCCCCGAAAAACGGCCGCCACCGCCGCCGCTGC
CGCCGCGGAACCCCCGGCACCGCCGCCGCCGCCCCCTCCTGAGGAG
GACCCAGAGCAGGACAGCGGCCCGGAGGAC

SEQUENCE # 8
ATGGCGGGTCTGACGGCGGCGGCCCCGCGGCCCGGAGTCCTCCTG
CTCCTGCTGTCCATCCTCCACCCCTCTCGGCCTGGAGGGGTCCCTG
GGGCCATTCCTGGTGGAGTTCCTGGAGGAGTCTT

[RAWANDELET]

ايوا متاكدة 100 في 100

[ترانيم الكفاح]

يعني كل بنت تختار سلسله معينه ؟

[مسك الختام]

يعطيك العافيه يارب

يب كل بنت لها سلسله

وياعسل طريقه الحفظ تكتبين

save وبعدين اسم الملف

وراح ينحفظ عندك
عاادي

[.vib]

بليز احد يمشي معاي خطوه ب خطوه في ncbi

عشان انا ماحضرت المحاضره

انا مطلوب مني السلسه رقم 3

[ترانيم الكفاح]

[quote=.vib;3224604]انا جايتكم وانا مكسوفه من الشي الا ح اطلبه

بس غصبا عني انا كنت غايبه في هذي المحاضره ومني فاهمه منها ولا شي

بنزل الواجب وشوفوا ادا قدرتوا تفهموني


Identifying Disease Genes Worksheet

In this activity, you will be given a nucleotide sequence found in real human DNA that is associated with a genetic disease when mutated. Your task is to compare the sequence you are given with known genes in the National Center for Biological Information (NCBI) website, using their Basic Logical Alignment Search Tool (BLAST) program.

Directions:
1) Go to the NCBI website, found at http://www.ncbi.nlm.nih.gov/, and click on the word “BLAST”, located on the dark blue bar near the top of the page.
2) Under the heading “Nucleotide”, click on the link for “Nucleotide-nucleotide BLAST”. One person should read the nucleotide sequence found on the index card you were given (in groups of 3) while the other person CAREFULLY types in the exact nucleotide sequence in the large empty “Search box.
3) When you or your partner finish typing, note in the space below any patterns you may have noticed about your sequence as it was being typed in.

__________________________________________________ ___________________

4) Now click on the “BLAST!” button, and after it brings you to the next screen, click on the “Format!” button and wait for your results.
5) On the webpage of your BLAST results, scroll down to the section with the horizontal colored lines, and carefully position your mouse on the “0” found below the word “Query”. Now slowly move your mouse below to the start of the first colored line. You should see the phrase “Mouse-over to show defline and scores, click to show alignments” in the white box change to indicate the name of the gene associated with the nucleotide sequence you typed in.
6) Slowly continue moving the mouse down each of the next 5 successive colored lines, taking note what appears in the white box. What seems to be the name of your human gene?


كل الكلام الي فوق حأختصر لك
اول شيء تروحي للموقع ـــــــــــــ> وبعدين تختاري كلمة plast حتكون على يمينك ـــــــــــــ> وبعدين حتنفتح لك صفحه وتختاري nucleotid plast ــــــــــــــــ> وبعدين حتطلع لك صفجة الفراغ الي حتلصقي فيه السلسله الجينيه تبعك بافأره ــــــــــ> وبعدين انزلي لاخر الصفحه الي الصقتي فيها سلسلتك واظغطي على كلمة plast الي في اطار ازرق ــــــــــــ>نتظري دقائق حتى تفتح لك الصفحه المطلوبه شوفيها على هالرابط http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

ولاحظي انو حيكون هناك 5 الوان لاماكن الكروموسومات وعندما تمررين الماوس على الخطوط الحمراء السفلى تلاحضي تغير في اسامي الجينات وهذا تريدك ان تسنتجي الموقع الجيني للانسان



__________________________________________________ ___________________

7) Close the “results of BLAST window”, going back to the “formatting BLAST” page. Click on NCBI logo that appears in the top left hand corner of the page. This should bring you back to the NCBI home page.
8) Now scroll down till you see the word “Education”, the 3rd-to-last orange heading on the left-hand bar of the page, and click on it.
9) Scroll down till you see the word “Genomes & Genetics” (2nd-to-last orange heading), and click on “Genes and disease”.
10) Enter the name of the gene or genetic disease associated with your nucleotide sequence in the search box at the top of the page and click “Go”. Use the information returned with your search, as well as other resources on the NCBI website, to answer the questions on the other side of this page.


بالنسبه لهذا الكلام ما فهمت ولا شيء

بس انا متأكده انو هذا فقط شرح لكم وليس هذا الواجب ؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟؟

[ترانيم الكفاح]

المشاركة الأصلية كتبت بواسطة مسك الختام يعطيك العافيه يارب يب كل بنت لها سلسله وياعسل طريقه الحفظ تكتبين save وبعدين اسم الملف وراح ينحفظ عندك عاادي

ممتااااز حبيتي وجزاك الله خير
وكمان حتى لو اخترتي select save حينحفظ ولك خالص ودي

[ترانيم الكفاح]

المشاركة الأصلية كتبت بواسطة .vib بليز احد يمشي معاي خطوه ب خطوه في ncbi عشان انا ماحضرت المحاضره انا مطلوب مني السلسه رقم 3

متأكده انو هذه هي الاسئله ؟؟؟؟

[ترانيم الكفاح]

انا حأشتغل خطوه خطوه ب سلسلة 3
1-اول شيء ندخل الموقع /http://www.ncbi.nlm.nih.gov
2-اختاري كلمة blast تلاقيها على يمينك بلون ازرق .
3- تنفتح صفحه واختاري كلمة nucleotide blast تلاقيها على يسارك في مجموعه ثانيه.
4-حتنفتح صفحه تحتوي على فراغ في خانه نلزق فيها السلسله تبعنا وننزل اسقل الصفحه ونلاقي كلمة blast في اطار ازرق غاامق .
5- ننتظر دفائق حتى تنفتح صفحه ملونه تحتوي على 5 الوان اذا مررنا الموس تبعنا نلاقي لها اسماء معينه .http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

وللاسف الباقي لم افهمه ولكن حبيتي انت تأكدي ايش هو الواجب
واتمنى لكم التوفييييييييييييييق من كل قلبي